Pessoas com suspeita de doenças no intestino grosso ou no reto, como úlceras, colite, câncer colorretal, pólipos intestinais, doença de Crohn, retite ou síndrome do intestino irritável.
Para o rastreamento de câncer colorretal, a indicação é que todas as pessoas sem histórico familiar para esse tipo de câncer façam o exame a partir dos 50 anos. Quem tem ou teve familiares com a doença, deve começar a realizar o exame dez anos antes da idade que o parente tinha quando recebeu o diagnóstico do câncer.
A colonoscopia também pode servir como prevenção desse tipo de câncer, pois o médico pode, por meio desse exame, detectar e remover pólipos que eventualmente podem evoluir para o câncer colorretal.

Em geral, é recomendado que um dia antes da colonoscopia o paciente tenha uma alimentação leve ou líquida, com bebidas, caldos e sopas coados. Laxativos também são indicados, pois o ideal é que o intestino esteja sem resíduos para que as imagens obtidas sejam nítidas.
No dia do exame, a alimentação deve ser composta somente por bebidas, como água, água de coco e suco de limão. Uma maneira de analisar se o preparo foi efetivo é observando as fezes. Se estiverem líquidas e quase incolores, a limpeza do intestino está correta.
Com o paciente sedado, é introduzido pelo ânus um colonoscópio, uma espécie de tubo flexível com cerca de 1 metro de comprimento e 1 centímetro de diâmetro com uma minicâmera na ponta. O aparelho é guiado até chegar ao ceco, parte inicial do intestino grosso onde fica a ligação com o intestino delgado, ou até o íleo terminal, a parte final do intestino delgado. Durante o trajeto, as imagens são reproduzidas em um monitor.

A colonoscopia não necessita de internação, o paciente é liberado logo em seguida. A presença de um acompanhante é essencial, já que os efeitos dos sedativos e anestésicos podem demorar algumas horas para passar. A alimentação após o exame deve ser leve. Caso seja retirado tecido para biópsia ou pólipos sejam removidos, podem ocorrer sangramentos, o que é normal.
Outros efeitos colaterais são gases e desconforto abdominal. Caso haja reações como vômitos e náuseas, procure um médico.